В 1586 г. верховным ламой Тибета стал правнук Алтан -хана. Это был первый и последний случай, когда монгол возглавил ламаистскую церковь в Тибете.

Вскоре о своей приверженности ламаизму объявил правитель Халхи Абатай, во владениях которого появился первый в Монголии дацан (монастырь). В 1642 г. сын одного из светских правителей — Тушету-хана, Ундур, был провозглашен первым главой ламаистской церкви на территории Монголии. Спустя семь лет тибетский Далай-лама посвятил его в высший сан — гэлукпа, объявив хубилганом выдающегося буддистского мыслителя Джебцзун-даранты. Таким образом, его полное имя стало Джебцзун дамбахутухта I с титулом богдо-гэ-гэн (гэгэн — блестящий), являвшимся третьим по значимости в ламаизме после Далай-ламы и Панчен-ламы, находившихся в Тибете. Вскоре вся страна была покрыта множеством ламаистских монастырей, которым светская власть выделяла земельные владения и лично зависимых аратов.

С развитием ламаизма стала развиваться монгольская культура и письменность. При монастырях открывались школы, ставшие своеобразными очагами подготовки образованных людей и зачатков интеллигенции.

С другой стороны, ламаистская церковь ежегодно забирала в свои ряды большое количество молодых мужчин, что не могло не сказаться и на уровне экономического развития Монголии.