С этого момента русская церковь становится полностью автокефальной, т.е. независимой от ближневосточных патриархов, и окончательно связывает свои интересы с северо-восточной Русью.

Несколько по-другому вели себя епископы и ведущие игумены-настоятели (руководители) крупнейших монастырей. Они назначались на должности митрополитов из русских людей и при участии, а то и под диктовку русских князей. Они были тесно связаны с русскими князьями, с Русской землей, с ее интересами, а интересы Константинополя были им далеки. Но здесь возникает другая проблема - епископы были связаны с местными князьями и не всегда поддерживали объединительную политику московских князей. Гораздо последовательнее поддерживала Москву монастырская верхушка (старцы). Наиболее авторитетные и богатые монастыри (Троицкий, Чудов, Симонов и др.) или находились в Московском княжестве, или были основаны выходцами из московских монастырей. Поэтому монастыри, как правило, были проводниками московской политики в других княжествах и землях. Со временем почти все высшие иерархии, вплоть до митрополитов, стали избираться из руководителей ведущих московских монастырей, что отражало силу московского князя и давало ему дополнительные возможности.

Другим важным обстоятельством, влиявшим на политику церкви во время монголо-татарского ига, были ее отношения с Ордой. Русская церковь пережила Батыево нашествие сравнительно легко, без особых потерь. Более того, установление ига привело к укреплению позиций церкви. Золотоордынские ханы стремились использовать авторитет церкви и силу религии для усиления своего господства в завоеванных землях. Они освободили русскую церковь от уплаты ордынского "выхода" и выполнения других повинностей. Татарское нашествие изображалось церковью как "божья кара" за грехи русских людей. Ханские грамоты устанавливали самый полный иммунитет русской церкви, каким только она пользовалась в средние века где бы то ни было в Европе. Именно поэтому церковь поддерживала проордынскую политику первых московских князей, но настороженно отнеслась к перемене курса в отношении Орды Дмитрия Донского, опасаясь, что поражение в открытой борьбе с татарами отрицательно скажется и на положении церкви. И только такие подвижники, стремившиеся к развитию русского народа, подъема народного самосознания и народного духа, как Сергий Радонежский, поддержали переход к активной борьбе с татарами.

Иноземные нашествия, бесконечные усобицы русских князей, имели неизбежным следствием - снижение нравственного уровня среди всех слоев населения, особенно высших. Разложение проникло и в церковную среду, куда устремились многие знатные люди, привлекаемые привилегиями церкви в условиях татарского господства. Корыстолюбие, вероломство, пресмыкательство и страх перед татарами, пьянство и прочие грехи распространялись среди мирян и служителей церкви. Таяло сознание единства, общности русских людей. В такой обстановке большую роль играли подвижники - монахи, стремившиеся претворить в жизнь евангельские заветы любви к ближнему, трудолюбие, бескорыстия, честности и духовности. Среди таких подвижников в XIV в. особенно выделяется Сергий Радонежский. Он был одним из реформаторов монастырской жизни, введя в своем монастыре суровый общежительный устав: в монастыре не было места имущественному неравенству, безделью, пьянству, нарушениям правил церковной службы. Сергий был и религиозным политиком, духовником Дмитрия Донского, выполнял важные поручения митрополита Алексия. Но огромная слава и известность Сергия связаны прежде всего с его подвижничеством, безукоризненным следованием нравственным принципам. Для людей своего времени он был нравственным идеалом, к которому тянулись все здоровые силы русского народа, вокруг которого складывалось национальное самосознание, чувство единства всего православного русского народа, и не случайно Сергий Радонежский является одним из самых почитаемых русских святых вплоть до настоящего времени.

Серьезным образом изменилось положение русских митрополитов после 1448г., когда они стали избираться на соборе русских епископов. Теперь они могли надеяться на возврат западных епархий только с помощью сильного Великорусского государства, способного включить их в свой состав. Но и после этого отношения церкви и государства складывались не так уж безоблачно.

Уже в 1458г. польский король и великий князь Литовский Казимир порвал отношения с русским митрополитом и принял присланного из Рима митрополита - униата Григория. Больше уже никогда московский митрополит не получал признания в Польско-Литовских землях. Эти события отрицательно сказались на авторитете московского митрополита, но пока еще великокняжеская власть нуждалась в церковной поддержке в борьбе с внутренними врагами. Поэтому первый избранный митрополит Иона был скорее равноправным партнером Василия II Темного, чем его "послушным орудием".